In den Jahren 1857 bis 1877 erfolgen wesentliche organisatorische Veränderungen. Ostern 1876 hört die Höhere Bürgerschule als solche auf zu bestehen. Zum teilweisen Ersatz für sie wird am 21. April 1876 eine Realschule gegründet, die nach dem Frankfurter Dichter der Sturm- und Drangperiode, Max Klinger, den Namen Klingerschule erhält und im ehemaligen Waisenhaus (Seilerstraße) ihre Unterkunft findet.

Von der zunächst als Bethmannschule fortgeführten Höheren Bürgerschule tritt 1877 fast die gesamte Knabenabteilung (Lehrer und Schüler) zur Klingerschule über. Nach zwei Jahren wird diese als Realschule zweiter Ordnung anerkannt und 1884 zur Oberrealschule erhoben.
 
Ein kaiserlicher Erlass aus dem Jahre 1900 ist für die Schule von Bedeutung geworden. Er anerkennt die Gleichwertigkeit der geistigen Bildung, wie sie das Gymnasium einerseits, das Realgymnasium und die Oberrealschule andererseits übermitteln. Zur besseren Kennzeichnung ihrer Stellung erhält sie den Namen Klinger-Oberrealschule. Von der Seilerstraße wechselt sie in das von der Musterschule inzwischen geräumte Gebäude am Hermesweg/Mauerweg im Jahre 1901.

Exkurs: In dieser Zeit besuchte beispielsweise Ernst May (* 27. Juli 1886 in Frankfurt am Main; † 11. September 1970 in Hamburg) die Klingerschule. Ernst May war ein bekannter deutscher Architekt und Stadtplaner. Als Siedlungsdezernent der Stadt Frankfurt war er zwischen 1925 und 1930 verantwortlich für die Schaffung wegweisender Siedlungen mit erschwinglichem Wohnraum. "In der kurzen Zeit von 1925 bis 1930 sind in Frankfurt im Rahmen eines umfangreichen Siedlungs-Bauprogramms circa 15.000 Wohnungen geschaffen worden. Das Neue Frankfurt, mit dem der Name des damaligen Stadtbaurats Ernst May auf das Engste verknüpft ist, steht aber auch für viele Einzelprojekte und ein umfassendes Konzept zur Gestaltung der städtischen und privaten Lebenswelt".(Quelle: http://www.ernst-may-museum.de)

In der Krisenzeit 1932 kommt die Klinger-Oberrealschule vom Hermesweg in das von der Humboldtschule geräumte Gebäude in der Adlerflychtstraße und verbindet sich mit der im gleichen Hause beheimateten Adlerflychtschule (Deutsche Oberschule) zu der neuen "Vereinigten Klinger- und Adlerflychtschule". Ihre Leitung übernimmt der bisherige Direktor der Klinger-Oberrealschule, Oberstudiendirektor Dr. Hartmann. Ein Jahr später führt sie den Namen Adolf-Hitler-Schule.
 
Dieser Zeitabschnitt ist kurz, umfasst aber ein schreckliches, ein finsteres Kapitel in der Geschichte des Schulgebäudes. Das Haus wird absolut zweckentfremdet und offiziell von der Stadt an "Behörden" vermietet. In dem "Alternativen Stadtführer" des DGB ist u.a. auf Seite 27 Folgendes nachzulesen: "Die ehemalige Schule wurde von der SS zur Kaserne und zum Gefängnis umfunktioniert. In den Kellerräumen ihrer Unterkunft in der Klinger-OberreaIschule an der Berger Straße misshandelte SS herbeigeschleppte Sozialdemokraten und Kommunisten. Häftlinge wurden gefesselt und so lange verprügelt, bis sie das Bewusstsein verloren. Keiner der dort Eingelieferten blieb von fürchterlichen Misshandlungen verschont." Auch Mausbach-Bromberger erwähnt in ihrem Buch "Arbeiterwiderstand in Frankfurt am Main gegen den Faschismus 1933-1945" auf Seite 43 die Klingerschule als Folterstätte.

An diese Zeit soll eine Gedenktafel am Haupteingang der Klingerschule erinnern:
„Das Vergangene ist nicht tot; es ist nicht einmal vergangen.“ (Christa Wolf)
Dieses Schulhaus war ein Ort nationalsozialistischer Verbrechen.
 
1933 bis 1937 war dieses Haus eine SS-Kaserne. Menschen aus dem Widerstand wurden hier gefoltert.
 
1941 bis 1943 hat man in der Turnhalle dieser Schule den Hausrat von jüdischen Nachbarn versteigert, die im Holocaust ermordet wurden.
 
In diesen Jahren lassen die städtischen Behörden das Gebäude für die Zwecke der Handels- und Höheren Handelsschule umbauen und völlig renovieren. Am 1. April 1939 kann es seiner neuen Bestimmung übergeben werden.
 
Handels- und Höhere Handelsschule
Heftige Luftangriffe auf Frankfurt beschädigen Teile des Gebäudes, bis es im März 1944 bei einem Großangriff - außer der klassizistischen Fassade zum Hermesweg - so zerstört wird, dass der Unterricht nicht mehr fortgeführt werden kann und in andere Schulräume verlegt werden muss.

Am 1. September 1955 bezieht die 1944 ausgebombte Schule wieder ihr neu aufgebautes Heim.

 
Neben den Schulformen

Handelsschule (Zweijährige Berufsfachschule für Wirtschaft und Verwaltung) und
Höhere Handelsschule (Einjährige Höhere Berufsfachschule für Wirtschaft) werden heute in der Klingerschule weitere Schulformen angeboten:

Das Berufliche Gymnasium mit Schwerpunkt Wirtschaft sowie Schwerpunkt Gesundheit, die (zweijährige) Höhere Berufsfachschule für das Fremdsprachensekretariat, der schulische Teil ("Teilzeit-Berufsschule") innerhalb der dualen Ausbildung zum Kaufmann/zur Kauffrau für Versicherung und Finanzen und zum Kaufmann/ zur Kauffrau für Büromanagement sowie einen Bildungsgang zur Berufsvorbereitung (BzB).

Am 29.09.2008 berichtet die Frankfurter Rundschau in einem "Kalenderblatt zur Zeitgeschichte" zweimal über die Klingerschule im Jahr 1968.

Am 24. April 1968 sei es zu einem Tumult bei Diskussionen über das Schulwesen gekommen. Unter der Überschrift "Wie steht's um unsere Schulen?" habe es im Volksbildungsheim (heute ist dies ein Kino am Eschenheimer Tor) eine heftige Auseinandersetzung gegeben. "Vertreter der Unabhängigen Sozialistischen Schüler-Gemeinschaft (USSG) und der Unabhängigen Schüler-Vertretung (USV) versuchen, die Versammlung zu stören, provozieren regelrechte Schlachten um die Saalmikrophone, die geplante Debatte um Schichtunterricht, Gesamtschule, Lehrermangel oder Begabtenförderung scheint unmöglich. Die Schülervertreter wenden sich gegen autoritäre Schulstrukturen, kritisieren das Herrschaftsverhältnis zwischen Lehrern und Schülern, fordern stattdessen Team-Teaching und mehr Einfluss für die Schülermitverwaltung." Herbert Stubenrauch, damals Sprecher des Sozialistischen Lehrerbundes, habe argumentiert, es sei unverständlich, "wie man Sechsjährige zu demokratischem Verhalten erziehen will, wenn man sie zu 50 und mehr Schülern in einen Klassenraum zusammenpfercht".
Dem habe Frankfurts Schuldezernent Cordt zugestimmt, er nannte "50 eine barbarische Zahl". Viele Pädagogen mühten sich aber, vom großen Klassenverband abzukommen und räumten Schülern auch das Recht auf freie Meinungsäußerung ein, habe Cordt festgestellt. Die FR fährt in Ihrem Bericht fort: "Die Demokratisierung von Schule ist ein Wert an sich, sagt ein ehemaliger Lehrer der Klingerschule, der inzwischen in Bonn arbeitet. Dazu gehörten weniger autoritätsbetonte Unterrichtsmethoden, die Offenlegung von Noten und Gründen einer Nichtversetzung und nicht zuletzt Mitsprache der Schüler."

Wenige Tage später, am 13. Juni 1968, so berichtet die Frankfurter Rundschau unter der Überschrift "Demokratie in der Schule", es sei Ziel des von dem tödlich verunglückten Schuldezernenten Cordt vorgelegten Schulentwicklungsplan II, dass Frankfurt ein volldemokratisches Schulsystem erhalte. Die Versammlung Frankfurter Direktoren verlange eine stärkere individuelle Förderung von Schülern, damit soziale Chancengleichheit sichergestellt sei. "Tagesheime könnten das Problem lösen, lautet der Vorschlag. Oder gleich Tagesheimschulen und anschließende Oberstufengymnasien, wie sie Oberstudiendirektorin Rahmel aus der Elisabethenschule fordert.
Bisher läuft lediglich an der Klingerschule das Modell eines Oberstufengymnasiums".

Dem Ziel, durch einen besonderen Schwerpunkt durch das Angebot eines besonderen Schwerpunktes "Wirtschaft" den jungen Menschen eine individuelle Förderung zukommen lassen zu können, weiß die Klingerschule sich bis heute verpflichtet.